Le crédit-cadre d'investissement permet au Grand Conseil de fixer pour 4 ans le cadre financier des investissements cantonaux. Une utilisation ciblée des moyens financiers dévolus aux infrastructures doit permettre de garantir et de développer l'offre de transports publics. L'affectation individualisée des crédits d'investissements fait ensuite l'objet d'une décision du Conseil-exécutif.

La Confédération et les cantons commandaient et finançaient conjointement les prestations de l'offre de transport public régional jusqu'à 2015. Vu l'adoption de l'arrêté fédéral portant règlement du financement et de l'aménagement de l’infrastructure ferroviaire (FAIF) lors de la votation populaire du 9 février 2014, la Confédération assure seule le financement de l'infrastructure ferroviaire régionale via le Fonds d'infrastructure ferroviaire (FinFer) depuis le 1er janvier 2016. Les cantons s'acquittent de leur contribution indirectement en versant un forfait qui viend alimenter le Fonds, et ce depuis 2016 également. En revanche, les projets de transport local devront en grande partie être pris en charge par le canton sans subventions fédérales. Font exception les volets qui figurent dans les projets d'agglomération « transports et urbanisation », qui seront cofinancés via le Fonds pour les routes nationales et le trafic d'agglomération (FORTA).

Pour le canton, c'est l'Office des transports publics et de la coordination des transports qui est chargé du traitement des demandes de crédits d'investissements. Les directives cantonales en la matière règlent les compétences pour les investissements dans les projets de transports publics.