L'OEH gère les prescriptions légales concernant l'utilisation des eaux publiques (force hydraulique, pompage dans les ruisseaux, les rivières et les lacs, exploitation des nappes phréatiques). Il facture chaque année des redevances pour un montant de 38,5 millions de francs environ aux bénéficiaires de droits d'utilisation des eaux. Il contribue à l'amélioration des structures des services publics des eaux dans le canton. Il veille à la fourniture d'eau potable de bonne qualité en quantité suffisante, grâce à des installations de captage et de distribution d'un haut niveau technique.
L'OEH régule le niveau des eaux des lacs de Brienz, de Thoune et de Bienne, ce qui entraîne une régulation du débit de l'Aar.
L'OEH rassemble les bases techniques et les données hydrométriques et hydrogéologiques nécessaires à la régulation et à l'utilisation des eaux.
L'OEH assure l'entretien à long terme et le maintien en bon état de fonctionnement des ouvrages des deux corrections des eaux du Jura (CEJ).
L'OEH gère la régale des mines concernant l'exploitation des matières premières minérales (ressources énergétiques, minerais, pierres précieuses) et de l'énergie géothermique de grande profondeur.
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