Das Generalsekretariat (GS) berät, unterstützt und entlastet die Direktorin bei der Erfüllung ihrer Aufgaben. Daneben versieht es Stabsfunktionen wie die Aufgabenplanung, Koordination und Information, allgemeine Verwaltung der Direktion, Koordinationsaufgaben in den Bereichen der Zentralen Dienste und Controllingaufgaben. Zudem werden durch das GS die Ressourcenaufgaben wahrgenommen (Finanz-, Personal- und Informatikwesen, Sprachendienst/Übersetzungswesen und Zentrale Dienste). Des weiteren werden die Geschäfte der Ämter auf kantonaler Ebene (Grosser Rat, Kommissionen etc.) durch das GS vertreten.